Nascida em Tavira-Algarve, Portugal, veio para o Brasil em data ignorada. Viúva e casou novamente com o pedreiro Francisco Pires, em Salvador, era alfabetizada, um fato extraordinário na época. Tinha 35 anos quando ocorreu a primeira visitação do Tribunal do Santo Ofício, denunciada porque gostava de mulheres. Foi denunciada por práticas nefandas e presa em 18 de dezembro (1591), acabou confessando inúmeros casos com pessoas do mesmo sexo, envolvendo mais seis mulheres moradoras de Salvador. No processo, a cristã-velha Paula de Siqueira, 40 anos, pressionada por possuir um livro proibido em sua casa, acabou revelando seu romance e tornou-se sua principal acusadora. Em um dos depoimentos afirmou que "... estando ela confessante em sua casa nesta cidade, veio a ela a dita e ambas tiveram ajuntamento carnal uma com a outra por diante e ajuntando seus vasos naturais um com o outro, tendo deleitação e consumando com efeito o cumprimento natural de ambas as partes como se propriamente foram homem com mulher". Cerca de 29 mulheres foram denunciadas como praticantes do lesbianismo, mas ela foi a mais castigada de todas. Foi severamente punida pela Inquisição, tendo como pena a o açoite público. Condenada ao degredo, foi obrigada a ouvir sua sentença na igreja da Sé, em pé, com uma vela acesa na mão e trajando uma veste de linho cru áspero usada para identificar os heréticos, enquanto seus pecados e crimes eram declamados em voz alta. Após ter sido exposta publicamente, foi presa ao pelourinho, açoitada cruelmente e expulsa para sempre da capitania (1592). Depois de expulsa não se teve notícias de seu padeiro. Paula teve uma pena bem mais branda, provavelmente por ser a mulher do contador da fazenda, e foi condenada a 6 dias de prisão depois de pagar 50 cruzados, mais duas aparições públicas como ré e algumas penalidades espirituais. Por ter sido a mulher mais humilhada e castigada da colônia, como homenagem seu nome criada a ONG Felipa de Souza (1998) e o principal prêmio internacional de direitos humanos dos homossexuais, o Prêmio Felipa de Souza. O Tribunal do Santo Ofício da Inquisição foi instalado em Portugal (1536) e perdurou por quase três séculos (1591-1821), período em que também atuou nas colônias portuguesas. O Santo Ofício chegou logo ao Brasil (1591) através do padre português e Visitador da Inquisição Portuguesa, primeiro inquisidor oficial nas terras brasileiras, Heitor Furtado de Mendonça, que anunciou, em Salvador, Bahia, o Edital da Fé, a lei da Inquisição, a partir dali em vigor na Colônia.
Afrodite e as Horas